El argumento comienza justo donde lo deja el MDK original. Los aliens atacan otra vez y tenemos que enfrentarnos con ellos. Con esta trama de fondo inmersa en una estética propia de un cómic, tendremos que arrasar con todo lo que encontremos a nuestro paso en las nueve grandes áreas que contiene MDK2.
El desarrollo no va a ser tan monótono esta vez. Podremos manejar al profesor Fluke y a Max, su mascota, además del incansable Kurt. Realizaremos los diez primeros niveles con este último, los siguientes con el profesor, que dará paso a su mascota para acabar con una última tanda de otros diez niveles en los que eligiremos a nuestro personaje favorito.
Los poderes de Kurt siguen casi intactos con respecto a la primera entrega. Contaremos con nuestro traje biónico que lleva "de serie" munición infinita, una especie de paracaídas y el famosísimo modo francotirador, gracias al cual podremos usar potente zoom para acertar a los blancos más difíciles. El profesor tiene la habilidad de fabricar hilarantes armas con los items que encuentre. Valga como ejemplo que machacaremos a más de uno con una especie de tostadora atómica. Además de esto gozaremos de la habilidad de abandonar nuestra inocente apariencia de anciano bonachón y convertirnos en un enorme ser con el que lucharemos en igualdad de condiciones con los aliens. Por último está nuestro aguerrido amigo Max, un perro que con sus multiples brazos es capaz de usar cuatro armas a la vez, de modo que se encargará de los niveles más duros en cuanto a número de enemigos.
3 Unlikely Heroes, 1 Ultimate Goal
Kurt Hectic is back to save the universe. This time he is teamed with the genius Dr. Hawkins and the 6-legged gun-toting robotic dog, Max. Together they must out-sneak, out-blast and out-think their enemies as they attempt to reclaim earth from a vile alien menace.