Super Columns mejoró el juego clásico de Columns al agregar nuevos tipos de bloques y la capacidad de cambiar las líneas de bloques al Dr. Mario. Los nuevos bloques incluyen columnas con brillo (que eliminan gemas de un tipo determinado de la cuadrícula), columnas de inversión (que voltean la cuadrícula al revés), columnas mágicas (que borran todas las gemas sobre una sección) y linternas (que pueden despejar una fila, columna o cuadrícula completa).
El modo de juego principal es "Historia", en el que el jugador se enfrenta a un mercader malvado, Surhand, que quiere aprovechar el poder de un amuleto místico para conquistar toda Fenicia. El jugador debe derrotar a cinco oponentes tres veces cada uno para avanzar en el juego. Durante los partidos de la historia, tanto el jugador como los oponentes del jugador pueden desatar varios hechizos, indicados por una pantalla numerada que asciende a medida que las gemas coinciden. Cada hechizo tiene un efecto diferente, como aumentar la velocidad a la que caen las columnas del oponente o restringir la capacidad del oponente para rotar sus columnas. Al igual que en los juegos anteriores de Columnas, también hay modos "Sin fin" y "Flash" disponibles. En un juego "sin fin", el jugador empareja gemas hasta que inevitablemente llega a un juego terminado. El modo "Flash" presenta al jugador con 10 etapas de rompecabezas donde todas las gemas destellantes deben coincidir para poder avanzar a la siguiente etapa.
Super Columns enhanced the classic Columns gameplay by adding new types of blocks and the ability to turn the lines of blocks a la Dr. Mario. New blocks include glitter columns (which remove gems of a certain type from the grid), reversal columns (which flip the grid upside-down), magic columns (which clears all gems above a section), and lanterns (which can clear a whole row, column, or grid).
The main gameplay mode is "Story," wherein the player is pitted against an evil merchant, Surhand, who wants to harness the power of a mystical amulet in order to conquer all of Phoenicia. The player must defeat five opponents three times each in order to advance in the game. During story matches, both the player and the player's opponents can unleash various spells, indicated by a numbered display that ascends as gems are matched. Each spell has a different effect, such as increasing the speed at which opponent columns fall, or restricting the opponent's ability to rotate their columns. Like in previous Columns games, there are also "Endless" and "Flash" modes available. In an "Endless" game, the player matches gems until inevitably reaching a game-over. "Flash" mode presents the player with 10 puzzle stages where all flashing gems must be matched in order to progress to the next stage.